科学计算的体会和深圳超算中心

前言

一直没写这个系列因为觉得水平不够,其实现在也没够,不过快要结束这3个月的论文苦战了。 现在进入收官阶段的论文写作阶段所以就不揣冒昧的写出来了。

科学计算

首先在现在这个阶段的科学计算本质不是计算机而是数学。

证据就是其实你使用任何一个方法来计算任何的体系,其实都是有不少检验标准的,这些检验的标准就是科学计算的数学本质决定的。

很多时候我们做的其实更加准确的说也不是科学计算而是数值模拟。所谓数值模拟顾名思义其实是你有了方程之后做的简单的几个run来测试是不是准确的标准。

其次就是科学计算并不太遵守很多计算机科学的标准。比如很多的计算机教科书都强调全变量的使用。认为这会对于最后的程序维护性产生问题。但是科学计算其实完全打破了这个约定。以分子动力学模拟为例,这里最最关键的有九个量,位置坐标rx,ry,rz,速度分量vx,vy,vz,受力分量Fx,Fy,Fz。主要来说这9个量都要使用全局变量因为它们实在是太重要了,到处都要使用到。

当然科学计算也离不开计算机,所以如果你熟练掌握计算机来做科学计算还是如虎添翼的。

深圳超算

虽然我在这里主要是指出深圳超算的不足但是还是要赞扬他们的,主要的工作其实做得都很好。特别是我写了很多封的邮件请教各种问题都得到了及时准确的回答。非常感谢。

当然下面就是说下个人不喜欢的地方

不支持Linux的超级计算机

说实话之前可能是被各种FSF或者GNU的宣传洗脑了,我一直认为超级计算机都是用Linux的。这是天经地义的,直到深圳超算。

下面是一封邮件截图:

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其实我想说,童雪你用的就是Linux!安卓的底层就是Linux。

莫名的宕机

这个是在我的测试中发现的,其实所谓的超级计算中心更大的优势可能是跑那种需要多个CPU做并行计算的程序,某种程度上其实我这样的单词任务的优势还可能不如很好的本地单机。

而且因为超算中心往往运行着很多的节点所以经常会出现个别节点宕机的问题,这样你的任务就不知道会怎么样。

事实上,我4月份打开的时候发现导师过年前计算的程序还在RUNNING其实正常一周就该结束了。

不过总体来说还是非常好!

建议

  1. 编程还是要多多练习的!
  2. 掌握Linux的基本操作很重要因为我们所有的计算都在Linux上进行!
  3. 多多学习数学和论文吧!
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